新三板此次制度改革主要是在交易规则和分层制度。从交易规则看，新的协议转让方式打开了新三板的大宗交易通道，促进大宗交易更加便利、更加规范，有利于新三板流动性的整体提升；原有的协议转让方式调整为非连续竞价交易，使挂牌公司股票转让更加透明，价格形成更加公允，原有协议转让下的种种成交乱象从根本上得到解决。从分层制度看，经过两年的实践，对创新层的准入标准等进行适当调整，既符合市场发展现状和挂牌企业的整体情况，也顺应了市场各参与方的基本需求；新三板进入“万家时代”后，挂牌企业的分化是市场发展的必然趋势和结果，分层制度将成为新三板的核心制度，并以此为基础产生相应的、有差异化的监管、披露、交易、融资等创新性制度。