值得注意的是，对于此次利好政策落地的影响，包括做市商、基金、投资机构等在内的市场各方观点分歧较大。有乐观人士称，此次既有符合市场预期的部分，也有超出预期的部分，政策刺激将带动流动性改善。“交易低迷的时候已经过去了，后面的改善会是一个持续的过程。”前海开源基金董事总经理付柏瑞表示，分层制度落地会改善新三板市场的流动性，伴随公募基金等机构投资者入场的预期，长线资金将会开始进场。“从体量上来讲，规模较小的公募基金差不多也有两到三亿，大则上百亿，在全市场来看体量都是比较有优势的，公募基金进场会比降低500万元门槛更有利于新三板市场。”
不过，也有不少观点认为，对新出台的政策不宜过分期待，短期来看，新三板存在的整体流动性困境并没有得到根本解决。“在机构投资者为主的三板市场，各方目标几乎趋同而缺乏对手盘，通过交易获得价差利润难度仍然较大，意味着市场赚钱效应并不高，而企业高估值的问题也没有得到解决，此时参与投资并非合适的切入点，市场泡沫仍然存在。”上述投资机构人士表示，由于流动性问题存在导致不少个股“有价无市”，加上新三板市场供给量不断增加，企业退出较少，如果出现新三板投资产品“退出集中到期”时点，场内资金将再次出现“多杀多”的局面。
对于“救援资金”进场的情况，来自做市商和投资机构方面却均表示谨慎态度。“如果资金是来自公募基金，这需要首先解决基金设立的投资者门槛和三板市场基金运行成本的问题，加上市场流动性折价和企业估值均偏高，市场缺少赚钱效应，资金进场动力并不强烈；如果是来自券商自身对三板的投入，则需要看明年整体资本对在各个业务部门的分配比例，如果自营、经纪等其他业务占据的资金量较高，券商还需要先解决资本金不足的问题，然后才能考虑加大三板的投入；更为重要的是，三板市场的收益回报周期较长、可实现浮盈卖出的企业较少，连续盈利不达要求也会制约券商对新三板放大投入的决心。”黄斌表示。
此外，分层和转板政策的后续实施和影响也成为诸多券商机构关注的重点。业内人士认为，分层制度实施无疑将令新三板市场“二八分化”格局变得更为严重，即分层以后，挂牌企业间的分化会加剧，基础层的企业因享受不到创新制度的红利，流动性更加堪忧，届时僵尸股遍地的情况将难以避免。对此，股转系统公司总经理谢庚在11月24日召开的新闻发布会上表示，新三板挂牌企业结构分化是市场自然选择的结果，一方面，创新层企业不意味着受优待，监管标准严于基础层，一旦相关指标达不到要求，两年之后就会被强制“退级”；另一方面，层级不是僵化的，基础层企业也有“晋级”机会。
在转板试点方面，部分券商认为转板通道搭建也需要时间，不同交易所之间需要进行利益权衡，试点推出时间恐短时难定。“转板制和注册制均属于资本市场重要改革，两者会否出现同时推进。如果转板实施，直接IPO的通道和转板的两条通道是分开审核还是并行操作，而在并行过程中，是不是还会参照‘拉链式交通’的方式发行。”黄斌分析，由于券商内部对这种转板通道的搭建和猜测非常多，意味着转板试点短期内可能难以成行。
安信证券新三板研究负责人诸海滨分析，尽管此次政策明确提及转板试点，但转板通道究竟会如何，相关企业所要满足的条件和标准并不明晰，预计能够转板的数量不会太多，难度也基本类似首次公开发行。招商证券(行情600999,买入)研究报告则预计转板将随注册制改革同行，否则在IPO仍将排队审核的制约下，所谓转板与此前的挂牌公司走独立的IPO申请通道发行并无本质区别。