刘志军被调查的消息发布之后，各界纷纷诟病铁道部政企不分的巨大危害。一位曾经为某主业为铁路下游产品的上市公司做尽职调查的律师透露，高歌猛进的铁路建设，尤其是高铁建设投资，掩盖了铁道系统政企不分的法律风险，以铁路采购为上游的上市公司的法律和经营风险由此加剧。

　　该律师表示，合同甲方的法律主体地位成为此类公司上市时法律尽职调查和经营风险调查中最需要关注的审查点。在考察上市公司经营风险时，该律师发现，公司与客户——铁路局签订的合同中，甲方均为某某铁路建设项目部或指挥部，这一说不清楚是公司还是政府部门或事业单位的签约方令公司风险难以判断。

　　该律师向甲方单位质询时，甲方对此问题亦颇感无奈。而解决的方法，是由相关铁路局出具书面材料，证明项目部或指挥部由该铁路局设立，从而勉强佐证指挥部或项目部的法律主体地位。

　　该律师称，由于近年来铁路投资资金充沛，证监会发审委也较少纠缠于这一节点。

　　现实中的“不差钱”，令投资者和审批部门忽略了理论上的法律风险——无论是高铁概念股票上涨，还是证监会发审委对这一法律风险的忽略，全因普遍认可的铁路系统“不差钱”。钱的因素，是此类上市公司得以顺利上市的坚实保障。

　　可以推理的是，不仅是铁路概念的上市公司，其他供应商或基建商等非公众公司，同样存在这一经营风险。

　　更大的风险来自铁路自有的公检法系统，一旦发生法律纠纷，由铁路部门自有的法院来受理案件，很难做到公正。

　　据记者了解，目前我国铁路仍然是铁道部政企合一，路局、分局两级法人，再加上站、段4个管理层次，同时各铁路局下辖独立于地方的公检法系统的管理体制（铁路公安由公安部和铁道部双头管理）。这种管理、监督和司法体制造成了政府行为与企业行为相混淆， 除加剧供应企业的合同风险外，更阻碍了铁路多元化引资。

　　在交通运输业中，民航、公路等都已做到政企分开。即使计划经济色彩浓厚的烟草行业，也在本世纪初成立了烟草工业公司和销售公司，与烟草管理局的职责分开。

　　记者梳理资料发现，2003年前任铁道部部长傅志寰卸任，刘志军执掌铁道部以来，本来与民航及公路等交通运输部门改革进程差距并不大的铁路改革进程，戛然而止。

　　2002年初， 上海铁路局客运公司挂牌，并相继成立技术中心和投资中心，媒体当时的报道认为，这一举措标志着铁路的市场化改革迈出了实质性的步伐。至2003年年初，当时全国14个铁路局悉数组建了铁路客运公司。但刘志军上任后各铁路客运公司纷纷撤销，管理体制恢复从前模式。

　　2003年底，铁道部出台《关于推进铁路主辅分离辅业改制和再就业工作的指导意见》，指定由济南、兰州、上海三地的铁路局为主辅分离改革的试点，尝试将铁路公检法等单位剥离出铁路系统，但此后7年铁路司法系统改革进展缓慢。

　　刘志军被调查后，各界人士对铁道系统重拾改革主基调抱以热切期望。