《总体方案》提出创新两岸产业合作发展的体制机制，创新两岸贸易合作的体制机制，建设两岸区域性金融服务中心，创新两岸文化交流合作的体制机制，创新便利两岸直接往来的体制机制五大主要任务。以及推进社会领域改革先行先试，创新城乡统筹发展的体制机制，推进厦漳泉大都市区同城化，深化行政管理体制改革，创新全面开放的体制机制等五大配套推进的重点领域改革试验。