前三季度医药行业跑输大盘，估值压力有所缓解，申万医药指数前三季度下跌了23.62%，跑输沪深300指数4.7个百分点，在大盘下跌过程中并未体现出防御性。经过前三季度调整，医药板块市盈率(TTM，整体法)创出年内新低，估值水平已接近2008年低点。医药板块相对于全部A股的溢价为129.8%，较去年年底150.2%的历史高点有所缓解。截止到2011年10月16日，医药生物整体市盈率处在32.25倍，相较于上周有所反弹，相对于全部A股的溢价比例为2.27倍，持续处于较高位置。
行业盈利增速下滑，子行业分化明显。医药生物板块利润增速的下滑与其高估值的背离，是前三季度医药股持续调整的主要原因。1月至7月，医药制造业累计产品销售收入较去年同期增长29.99%，显示医药行业景气度仍较高；但累计净利润增速仅为20.66%。除医疗器械外，各子行业的行业盈利增速均出现了不同程度的下滑，中药饮片、中成药下滑幅度较小。
中长线投资机会出现，静待医药板块出现转机。从短期来看，随着通胀回落以及高基数因素的消除，四季度医药行业净利润增速有望见底回升，政策靴子也于前三季度悉数落地，医药行业四季度将继续回归“防御”属性。从中长期来看，“十二五”期间将迎来第一个老龄化高峰，医药行业长期增长趋势未变，一些增长明确的公司已进入中长线投资区间。
建议投资者规避政策风险，关注兼具增长确定与估值优势的行业龙头。一是《生物医药“十二五”规划》即将出台，创新能力强的化药企业以及生物制品类企业，建议关注恒瑞医药、人福医药、双鹭药业、智飞生物。二是拥有基本药物独家品种或竞争对手相对较少的基药品种，关注天士力和昆明制药。三是不受药品招标政策影响的医疗器械子行业，关注受益于新版GMP改造的东富龙。
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